De karakteristieke planten die voorkomen in De Biesbosch zijn meestal gebonden aan vochtige omstandigheden. In de grienden groeien veel brandnetels, maar ook groot heksenkruid, kattenstaart, groot- en oranje springzaad en harig wilgenroosje. De enorme reuzenbalsemien zorgt voor een echte jungle en de roze bloemen hebben een heel kenmerkende zoete geur. Bijzonder in het gebied zijn de zeldzame driekantige bies en de spindotterbloem.
De Biesbosch was vroeger een belangrijk gebied voor anadrome trekvissen zoals zalm, zeeforel, steur, elft, fint, zeeprik, houting en spiering. Door overbevissing, vervuiling en het afsluiten van de zeegaten in het kader van de Deltawerken zijn deze vissen vrijwel verdwenen of uiterst zeldzaam geworden. Er zijn nog 42 soorten die in de Biesbosch gevangen kunnen worden, onder andere: paling, baars, bittervoorn, blankvoorn, brasem, karper, snoek, snoekbaars, driedoornige stekelbaars en roofblei.
Amfibieën die in de Biesbosch voorkomen zijn: kleine watersalamander, gewone pad, bruine kikker, meerkikker en de middelste groene kikker.
Broedvogels in de Biesbosch zijn: dodaars, aalscholver, roerdomp, woudaapje, blauwe reiger, purperreiger, lepelaar, kolgans, grauwe gans, bergeend, krakeend, wintertaling, zomertaling, slobeend, tafeleend, wilde eend, brilduiker, bruine kiekendief, havik, sperwer, boomvalk, slechtvalk, zeearend, kwartel, waterral, porseleinhoen, kluut, kleine plevier, visdief, zomertortel, kerkuil, steenuil, bosuil, ransuil, groene specht, kleine bonte specht, veldleeuwerik, oeverzwaluw, boerenzwaluw, huiszwaluw, graspieper, gele kwikstaart, witte kwikstaart, nachtegaal, blauwborst, zwarte roodstaart, gekraagde roodstaart, grote lijster, cetti’s zanger, sprinkhaanzanger, snor, rietzanger, spotvogel, grauwe vliegenvanger, bonte vliegenvanger, baardman, matkop, boomklever, buidelmees, ijsvogel, wielewaal, fuut en appelvink.
Soorten die niet in de Biesbosch broeden, maar er wel aangetroffen kunnen worden, zijn onder meer: geoorde fuut, grote zaagbek, kleine zwaan, grote Canadese gans, brandgans, grote zilverreiger, kleine zilverreiger, wespendief, visarend, zwarte wouw, zilvermeeuw, zwarte stern, koekoek, roodmus, koereiger, kwartelkoning, witvleugelstern, patrijs, houtsnip, kwak, steltkluut, sneeuwgans, casarca, bontbekplevier, watersnip, kokmeeuw, paapje, grutto en grote karekiet.
Bekijk de Flora en Fauna via het water
In de Biesbosch woont sinds enkele jaren een koppel zeearenden. In 2011 werd voor het eerst een jonge zeearend gesignaleerd. In tegenstelling tot de visarend, die ook in het gebied voorkomt maar alleen vis eet, is de zeearend een alleseter. Als de zeearend ergens in de lucht ‘hangt’ en op zoek is naar een prooi, ontstaat er grote onrust bij de vogels op het land of op het water. Sinds 2014 broeden maar liefst twee paartjes zeearenden in de Biesbosch. In 2016 is ook de visarend voor het eerst gaan broeden in het gebied, met een tweede broedpaar in 2017.
Tot de kleine zoogdieren in de Biesbosch behoren de gewone bosspitsmuis, dwergspitsmuis, waterspitsmuis, huisspitsmuis, rosse woelmuis, veldmuis, aardmuis, Noordse woelmuis, bosmuis, dwergmuis, bruine rat, beverrat en muskusrat. Kleine roofdieren zijn wezel, hermelijn, bunzing en de uiterst zeldzame boommarter. Verder leven er veel vossen en is in 2016 voor het eerst een paartje dassen gesignaleerd in de Biesbosch. In de Biesbosch leeft ook minimaal één wasbeer. Verder konijn en haas, een flinke populatie reeën en (in de Dordtse Biesbosch) enkele damherten. Een enkele keer kan een zeehond worden gezien die door de Haringvlietsluizen is geglipt. Vroeger waren zeehonden overigens een algemene verschijning in de Biesbosch.
In totaal werden er 42 bevers in de Biesbosch uitgezet, in 1988 door Ir G Braks (Minister van Landbouw, Natuurbeheer en Visserij), in 1989 door prins Bernhard en in 1999 door Drs J. Borgman (voorzitter van het Overlegorgaan Nationaal Park De Biesbosch). De dieren kwamen uit de voormalige DDR en werden voorzien van een zendertje. Zij werden vijf jaar lang gevolgd. Hun aantal neemt toe. Opvallend was dat zij per nacht zich soms wel twintig kilometer verplaatsen. ’s Zomers worden beverzwerftochten georganiseerd, waarbij rond het invallen van de schemer in rietaken wordt rondgevaren. Men verwacht dat er binnenkort weer otters komen.
Een kudde van zo’n 160 Schotse hooglanders begraast de polders Lange Plaat, Turfzakken, Lepelaar, Plomp, de Allards-polder en de Kwestieus-polder, de laatste polder in de Biesbosch die met de hand werd drooggelegd. Als de ossen drie jaar zijn worden ze geslacht. Vanaf 2016 graast ook in het natuurontwikkelingsgebied de Kleine Noordwaard een kudde Schotse hooglanders, aangevuld met konikpaarden.
Een kleine kudde waterbuffels begraast delen van de Noordwaard. Ze kunnen dieper doordringen in de meest moerassige delen dan de overige grote grazers.